Nowożytność
Od drugiej połowy XVI wieku Kraków stopniowo tracił na politycznym znaczeniu: Zygmunt II August opuścił Wawel w 1559 roku i nigdy nie wrócił, a zjednoczenie Korony Królestwa Polskiego z Wielkim Księstwem Litewskim dokonane w wyniku Unii Lubelskiej (1569) przypieczętowało peryferyzację miasta.
Chociaż to właśnie w Krakowie narodziła się idea unii z Litwą, to nowy organizm państwowy i nowe wyzwania przed nim stojące wymagały również nowej stolicy: ze względów praktycznych sejmy o wiele łatwiej było organizować w centralnie położonej Warszawie, podobnie jak wyprawy wojenne w kierunkach północnych, co nie było bez znaczenia w dobie wojen inflanckich. Przeniesienie się wraz z dworem Zygmunta III Wazy do Warszawy nie oznaczało jednak dla Krakowa całkowitej i natychmiastowej degrengolady – przełom XVI i XVII wieku to czas rozwoju miasta jako stolicy na peryferiach.
POŻARY
Okres panowania Zygmunta III to także niestety moment zerwania z jagiellońską zasadą tolerancji religijnej: za przyzwoleniem ultrakatolickiego króla zniszczono w Krakowie protestanckie świątynie. Zbór ewangelicki przy ul. św. Jana w Krakowie, zwany ze względu na strzelisty dach „brogiem”, otwarto w 1572 roku, ale jak pisał kalwiński kronikarz Wojciech Węgierski był iako sol w oczach Nieprzyjaciół Zbawienney Prawdy Bozey i dwa lata później został zdemolowany w trakcie tumultu krakowskiego. Budynek całkowicie zniszczono w maju 1591 roku.
Pożary nie dawały miastu spokoju. Jeszcze w 1555 roku odbudowano spalone Sukiennice. Włoscy mistrzowie Jan Maria Padovano i Santi Gucci nadali im renesansowy charakter, ozdabiając je kolumnowymi lodżiami i attyką zwieńczoną maszkaronami. Na początku XVII stulecia przebito znane do dzisiaj przejście w poprzek Sukiennic. Jednak wielkimi krokami nadchodził już barok.
Królewski architekt Giovanni Battista Trevano, pochodzący z Lugano, był odpowiedzialny za odbudowę zamku na Wawelu po pożarze w 1595 roku w duchu wczesnego baroku rzymskiego. Zaprojektował między innymi reprezentacyjną Senatorską Klatkę Schodową (zwaną także Królewską). Kierował także przebudową Pałacu Królewskiego w podkrakowskim Łobzowie, któremu nadał barokowy kształt. Jego być może najbardziej znanym projektem jest inspirowany rzymskim Il Gesù kościół Świętych Apostołów Piotra i Pawła przy ul. Grodzkiej: Trevano jest autorem projektów fasady, kopuły i wystroju wnętrza.
DRUGI RZYM
W Krakowie nadal odbywały się najważniejsze uroczystości kościelne i państwowe – nieprzerwanie do 1637 roku, kiedy w Warszawie koronowano pierwszą żonę Władysława IV. Jak pisał prof. Jacek Purchla, rolę nieobecnego na Wawelu władcy i dworu królewskiego przejęli w XVII wieku gospodarze wawelskiej katedry. Zaowocowało to rozkwitem barokowej sztuki sakralnej, tworzonej między znakomitych włoskich artystów ze szkoły Carlo Maderny: Gian Lorenzo Berniniego i Francesco Borrominiego.
Trwałym śladem rozkwitu włoskiej sztuki i architektury jest Uniwersytecka Kolegiata św. Anny wzorowana przez architekta Tylmana z Gameren na Bazylice św. Andrzeja della Valle w Rzymie – jej wnętrze zaprojektował znakomity Baltazar Fontana. Kolegiata jest kwintesencją rzymskiego baroku w Krakowie, który stawał się ważnym ośrodkiem kultu religijnego – bywał wręcz nazywany drugim Rzymem.
UPADEK
Czas względnego prosperity trwał do połowy XVII wieku, kiedy miasto zostało zajęte przez szwedzkie wojska po trwającym trzy tygodnie oblężeniu, w trakcie którego spalono przedmieścia i splądrowano Kazimierz. Jak pisał historyk Jan M. Małecki, okupacja trwała dwa lata i była bardzo dotkliwa: nałożono na miasto ogromną kontrybucję, rozgrabiono domy prywatne, kościoły, skarbce i katedrę. Po zakończeniu „potopu” stan Krakowa był tragiczny: całe dzielnice stały zrujnowane, zniszczono wodociąg działający od średniowiecza, a liczebność miasta znacząco się zmniejszyła, osiągając na początku XVIII stuleci liczbę zaledwie około 10 tysięcy mieszkańców – trzykrotnie mniejszą, niż sto lat wcześniej. Dodatkowo od połowy XVII wieku Kraków pustoszyły powracające epidemie.
Symbolicznym gwoździem do trumny miasta była koronacja Stanisława Leszczyńskiego (1705): pierwsza od XIV wieku poza Krakowem. Dopiero w 1731 roku zaczęto odbudowywać zniszczony w trakcie wojny północnej Zamek Królewski na Wawelu. Próby podźwignięcia się z kryzysu były nieliczne. Artystycznym śladem tych czasów są dwie budowle sakralne na Kazimierzu: przebudowany w stylu barokowym kościół Na Skałce, czy położony nieopodal kościół Bonifratrów.
MIASTO GRANICZNE
W wyniku pierwszego rozbioru Polski w 1772 roku Kraków stał się miastem granicznym. Jego upadek pogłębiło założenie przez Austriaków na prawym brzegu Wisły konkurencyjnego ośrodka miejskiego: Podgórza. Były jednak nieoczekiwane plusy kryzysu: jak zwracał uwagę prof. Purchla, zamrożenie rozwoju utrwaliło średniowieczny kształt miasta, a Kraków zachował wyjątkową, gotycko-renesansową tkankę. Nie naruszyła jej także trwająca trzy lata, od 1768 roku, okupacja rosyjska.
W drugiej połowie XVIII wieku Kraków sięgnął granic swojego upadku. Miasto pozostało w obrębie średniowiecznych murów, a splądrowany w wyniku wojen Kazimierz długo straszył ruinami. Na zajętym przez Austriaków drugim brzegu rzeki zaborca postanowił ulokować konkurencyjne miasto. Rozważano różne warianty – w tym widoczny na reprodukcji plan austriackiego inżyniera, Charlesa de Hoeferna. Wspomniane miasto – Podgórze – powstało ostatecznie kawałek dalej na wschód od przedstawionej tu wizji. Dziś to jedna z dzielnic Krakowa o najbardziej wyrazistej historii i tożsamości.
Oświeceniowe reformy Stanisława Augusta Poniatowskiego, który w trakcie swojego panowania tylko raz odwiedził Kraków, rezonowały słabiej, niż w innych częściach Królestwa, a jedyną poważną zmianą w nowym duchu, jak uważa prof. Małecki, była reforma Akademii Krakowskiej dokonana przez Hugona Kołłątaja.
Po uchwaleniu Konstytucji 3 maja ponownie do miasta wkroczyły wojska rosyjskie, a obradujący w Grodnie ostatni sejm Rzeczypospolitej w swoich uchwałach określił Warszawę mianem miasta stołecznego. Kraków formalnie stracił swoje znaczenie polityczne, jednak nieoczekiwanie dzięki nadgranicznemu położeniu stał się kolebką pierwszego zrywu niepodległościowego: to właśnie na krakowskim rynku 24 marca 1794 roku generał Tadeusz Kościuszko ogłosił powstanie i jako najwyższy naczelnik sił zbrojnych złożył przysięgę całemu narodowi polskiemu.